В 1852 году Аксаков вышел в отставку и с того времени начал писать стихи, которые печатались в "Московском сборнике", но скоро стал заниматься журнальной деятельностью, став редактором "Московского сборника". Но журнал просуществовал недолго, он был закрыт, а Ивана Сергеевича лишили права быть издателем или редактором журнала из-за его славянофильских идей.

Во время Крымской войны он поступил в Московское ополчение. После войны Географическое общество поручило ему изучить торговлю на Украинских ярмарках. Аксаков тщательно выполнил это поручение, изучая порученный предмет полтора года. Результатом был обширный труд под названием "Исследование о торговле на Украинских ярмарках", встреченное единодушными похвалами. Географическое общество присудило поэту большую Константиновскую медаль, а Академия наук - половинную Демидовскую премию.

В 1859 году после долгих хлопот Аксаков получил разрешение на издание еженедельной газеты "Парус", но она была запрещена после второго номера. Тот год был для писателя несчастливым. Умер отец, и ему пришлось ехать с братом Константином, болевшим чахоткой, на остров Зант, где тот и умер.

Пребывание за границей Аксаков использовал для ознакомления с западным и южным славянством. Он посетил центры европейского славянства.и завязал личные знакомства с наиболее видными представителями славянофильства.

Вернувшись в Россию, он стал издавать газету "День", которая выходила четыре года, одновременно с ней и другую - "Москвич".

Женившись в конце 60-х годов на дочери Ф.И. Тютчева, которая была фрейлиной Анны Федоровны, Аксаков поступил на службу во 2-е московское общество взаимного кредита на место председателя совета, но эта служба оставляла ему много свободного времени, и он продолжал быть главой московского славянофильства, будучи блестящим оратором и публицистом. В последние годы жизни он был председателем Славянофильского комитета. Его деятельность на этом посту совпала с эпохой освободительной борьбы сербского народа и турецкой войной 1875-1878 гг. Много шума наделала сказанная писателем горячая речь на заседании Московского Славянофильского комитета в 1878 году по поводу Берлинского трактата. Результат не преминул сказаться: комитет был закрыт, А Аксакова вынудили покинуть Москву, и лишь через несколько месяцев ему разрешили вернуться.

Усиленная работа и волнения не могли не подорвать его здоровье. В 1884 году врачи заставили его отправиться в Крым, где здоровье его улучшилось. По возвращении в Москву он продолжил издание газеты. Но болезнь только временно отступила. Через некоторое время она снова дала знать о себе. В 1890 году Аксаков умер от сердечного приступа. Он был похоронен в Троице-Сергиевой Лавре, неподалеку от Москвы.

Как поэт Аксаков сложился в 40-е годы. Наибольший расцвет его поэтической деятельности приходился на 1844-1853 годы, когда в его поэзии господствующими были гражданские мотивы, не отягченные приверженностью к славянофильским догмам. Поэт выступал против существовавшего тогда порядка и деспотизма, но его поэзия всегда была окрашена мотивами скорби и сомнений, постоянными колебаниями между верой и неверием, надеждой и разочарованием, идеалом и прозой реальной жизни.